Ursprünglich hatte die Stadt zwei Stadtpfarrkirchen, entsprechend den beiden mit eigenen Rechten ausgestatteten Stadthälften Altstadt und Neustadt. Die Kirche der Altstadt war die auf der Höhe liegende Kirche St. Marien - genannt "Widenkirche", von der heute noch der Turm und die Ruine des imposanten Kirchenschiffes stehen.
Die Kirche der Neustadt trug den Namen des Apostels Petrus und wird heute "Peterskirche" genannt. Sie steht in der Nähe des heutigen Marktes. Auch von ihr sind nur noch Reste und der Turm erhalten. Die fünf Glocken unserer Kirchgemeinde rufen bis heute von den beiden Türmen dieser Kirchenruinen - 2 Glocken von der Widenkirche und 3 vom Turm der Peterskirche.

Daneben beherbergte die Stadt zwei Klöster: Ein Franziskanerkloster und ein Kloster der Dominikanerinnen. Mit der Einführung der Reformation und der Vereinigung der beiden Stadthälften zu einem Kirchspiel wurde eine Kirche in den Rang der Stadtpfarrkirche erhoben, die ursprünglich nicht für diesen Zweck gebaut war: die Klosterkirche der Franziskaner, nahe an der Weida gelegen, in der Mitte zwischen Alt- und Neustadt.

Die Franziskanermönche und ihre Kapelle in Weida werden erstmalig 1267 urkundlich erwähnt. 1350 beginnen sie damit, die kleine Kapelle "Unserer Lieben Frauen" zu einer Klosterkirche umzubauen. Die Franziskaner bauten ihre Kirche ohne Turm. Allerdings lässt ein alter Stich vermuten, dass es einmal ein Türmchen als Dachreiter gab. Um 1450 wird die Kirche um ein Seitenschiff erweitert. Bald danach geht das Klosterleben zu Ende, auf die Kirche und das Klostergelände wartet eine neue Aufgabe: 1524 beginnt der Pfarrer Johannes Gülden die evangelische Predigt im Sinne der Reformation Martin Luthers, der am 8. Oktober 1530 selbst in Weida predigt. Am 9. August 1633 Überfiel das Adelhofische Reiterregiment der Holkschen Armee Weida und brannte die Osterburg und die Stadt bis auf wenige Häuser nieder, darunter auch die Stadtkirche. Von 1644 bis 1650 wird der Wiederaufbau unter Leitung des Superintendenten Johannes Francke vorangetrieben. Kanzel, Taufstein (beide mit Schnitzfiguren reich verziert), Altarkruzifix, Kassettendecke, Emporen und Bürgerstände unserer Stadtkirche gehen auf diese Zeit zurück. 1704 schuf der Maler Paul Läber an den Emporen 54 Bilder nach Motiven aus der Bibel. Die Orgel, deren Prospekt aus dem Jahre 1762 stammt, wurde 1934 von der Firma Walker eingebaut. Das Gewölbe über dem Chorraum konnte erst 1934 wiederhergestellt werden. Das wohl wertvollste Kunstwerk in unserer Stadtkirche ist ein Fresko. Es war ursprünglich Teil eines Marienzyklus in der Widenkirche und stellt den Tod der Maria dar.

Durch die Aufnahme unserer Stadtkirche in das Städtebauförderungsprogramm und in Zusammenarbeit mit dem Landesamt für Denkmalschutz, der Deutschen Stiftung für Denkmalschutz, der Evang.-Luth. Landeskirche in Thüringen und unserer Kirchgemeinde wurden in den vergangenen 3 Jahren das Kirchendach und die bleiverglasten Kirchenfenster saniert.